A mosca das frutas pode atacar os frutos de café em 2 estágios, quando ainda verdes ou quando maduros. Em ambos estágios pode provocar ou acelerar a queda desses frutos atacados.
A mosca das frutas é considerada uma praga de pequena importância na cultura do café. Duas espécies são mais frequentes atacando os frutos – Ceratitis capitata (a mais comum) e Anastrepha fraterculus.
Nos frutos verdes, ainda em água, especialmente aqueles da primeira florada, talvez por coincidir numa época de pouca frutificação nas plantas em geral, a mosca ataca e uma parte desses frutos acaba caindo. Neles pode-se ver um furo de cor escura, localizado lateralmente no fruto. Nos frutos maduros, os preferidos pela mosca, também tem sido observado que o ataque acelera sua queda ao solo. Nos frutos verdes a queda é provocada em função da perfuração, que a fêmea da mosca faz na casca do fruto, para oviposição. Ocorre necrose dos tecidos em volta da perfuração, com produção de etileno, decorrente desse processo de apodrecimento, o que leva à queda. Nos frutos maduros podem ser observadas duas causas de aceleração na queda dos frutos. A primeira de modo semelhante à queda dos verdes, combinada com a ação complementar de fungos saprófitas, que aproveitam os frutos como porta de sua entrada. A segunda pelo consumo da mucilagem dos frutos, pelas larvas da mosca. Assim, o fruto tem passagem mais rápida da fase de cereja para passa e seco. Nessa condição o pedúnculo do fruto enfraquece e acelera sua queda.
Na região Norte do estado do Espirito Santo tem sido observada a queda acelerada de frutos maduros, por efeito da mosca das frutas, isto nas poucas áreas, de campos de teste, com variedades de café arábica. Sabe-se que os frutos de cafeeiros conillon, provavelmente pela sua pouca mucilagem, não são atacados. Deve-se, no entanto, passar a observar o que vai ocorrer com alguns clones de robusta, em cultivo na região, já que os frutos destes possuem casca mais grossa e contem mais mucilagem, sendo mais semelhantes aos frutos de cafeeiros arábica.
Finalmente, uma forma de identificar o tipo(s) de mosca das frutas, mesmo no campo. A Ceratitis capitata possui mancha escura no seu corpo, enquanto a Anastrepha possui coloração amarelada.